ContigExpress(序列拼接结果验证工具)

ContigExpress是一款专业的测序结果的序列拼接软件,是可以帮助生物研究的朋友们更加方便的测量序列.有需要的朋友就来IT猫扑下载吧!

软件简介

由于一般测序方法的限制，测续结果一般只能到800bp左右，所以对于较长片段只能用不同引物测序后根据结果拼接，ContigExpress正是一款非常实用的序列拼接软件。

使用方法

解压缩下载的压缩文件contig.zip文件，保证文件CExpress.exe,Gexudat.def在同一个目录下，打开Cexpress.exe应用程序，进入ContigExpress操作界面

点击菜单上的“project”选择“Add Fragments”，一般我们发给您的是AB1文件，如果您有其它格式的文件，也可以选择，在这里我们选择AB1文件，以其为例

选择您存放AB1文件（即我们Email给您的测序结果的彩图文件）的目录，选择文件类型为ALL FILES, 之后打开要拼接的AB1，从而添加进ContigExpress软件。在此以A、B两个序列为例，如果有多个序列的也可以同时添加进入。

选中要拼接的序列，再选菜单 “Assemble”栏下的“Assemble Selected Fragments”命令，或用工具栏上的按钮，如图3。若两个结果能够拼接起来的，会得到一个Assemble1下的contig1的结果

双击contig1，打开拼接后的结果，选中菜单“VIEW”栏，进入VIEW OPTION，将SHOW ALIGNMENT AS 由 TEXT 改为 GRAPH.，点击OK后得到结果如图5。此时可能会因为两条序列的测序结果误差，会有不同的地方，在拼接图片框中的绿色竖杠就表示了这些不同的地方。接着可点击绿色竖杠找到有误差的地方，进行修改。